Как все помнят, в первой части Mass Effect присутствовал специальный режим «New Game+», который позволял пройти сюжетную кампанию еще разок, но уже с прокачанным персонажем. Во второй части эту возможность убрали. Вместо этого по окончании игры Шепард мог вернуться с командой в игровой мир и завершить второстепенные дела. Многим игрокам это сильно не понравилось, так что разработчики решили пойти им навстречу: в Mass Effect 3 будут доступны оба варианта. Возможно, их совместят в один комбинированный режим.

Также стало известно, что сюжет продолжит поддерживать драматичные нотки, появившиеся в Mass Effect 2. «Я не хочу сказать, что будет атмосфера полной безнадеги, но грусти и тоски планируется хоть отбавляй. Депрессивная история позволит ощутить масштабы того, с чем вам приходится сражаться. Сами подумайте — как в этой войне вообще можно победить? Если Mass Effect 2 был стильно-мрачным, то теперь у нас будет атмосфера полномасштабной войны, которую вы ведете без всякой надежды на победу. В глубине души вы будете понимать, насколько ужасно все происходящее, и вам придется многим пожертвовать, чтобы достичь своей цели», — рассказывает продюсер игры Кейси Хадсон.