После смерти Илая Вэнса в руки его дочери Аликс и Гордона Фримена попадают координаты места в Антарктике, где, как они думают, находится «Борей». Координаты ранее передала Илаю его давняя помощница — доктор Моссман. Похоронив Вэнса, Аликс и Гордон улетают в Антарктику.
Аликс Вэнс и Илай Вэнс
По непонятным причинам самолёт терпит крушение где-то на просторах Антарктики. Пробираясь сквозь метели и снежные бури, Аликс и Гордон всё же добираются до места, на которое указывали координаты. Но вместо «Борея» они находят огромное строение, черты которого говорят о принадлежности к Альянсу.
Герои проникают внутрь базы и видят нечто странное: голограмму, которая то появляется, то исчезает. Вскоре Аликс и Гордон понимают, что это и есть «Борей», он материализовывается и снова растворяется в воздухе. Вокруг корабля при этом находится множество устройств для наблюдения за судном, установленных Альянсом. Лайнер как бы колеблется между нашей реальностью и параллельной, и состояние его крайне нестабильно. Аликс и Гордон решают, что в «Борей» надо попасть в тот момент, когда он полностью материализуется.
Неожиданно герои попадают в плен — но не к пришельцам, а к помощникам доктора Уоллеса Брина. Однако это уже не тот Брин, что знаком игрокам по предыдущим играм: одну из ранних версий его сознания поместили в личинку (некая форма для сохранения сознания, вероятно, похожая внешне на советников Альянса). При этом эта копия его разума не знает, как погиб настоящий Брин. Тем не менее личинке-Брину известно, что ответственность за смерть настоящего Брина лежит на Гордоне. Вскоре выясняется, что существование в такой форме не приносит Брину никакого удовольствия, и тот просит Аликс и Гордона прикончить его. И хотя Аликс считает, что Брин не заслужил быстрой смерти, Гордон из жалости уничтожает личинку.
Затем Аликс и Гордон находят в камере для допросов доктора Моссман. Она шокирована известием о смерти Илая, но тем не менее Аликс винит ее в произошедшем. Моссман пытается убедить Аликс, что всё это время работала на сопротивление под прикрытием и делала лишь то, о чем её просил Илай. Кроме того, Моссман оказывается полезна героям: у неё есть ключи, необходимые, чтобы попасть на борт «Борея».
Корабль «Борей».
Все трое прорываются через солдат Альянса и благодаря доктору Моссман попадают на «Борей», однако ждать подкрепления уже слишком поздно, и Аликс с Гордоном и Моссман перемещаются в другое измерение втроём. В поисках источника питания и центра управления кораблём герои узнают историю «Борея». Несколько лет назад группа учёных, работавших на «Борее», создала устройство быстрой загрузки. По идее, это устройство должно создавать вокруг корабля поле, способное моментально перемещать «Борей» в любую точку. Однако его так ни разу и не запустили. Но, когда Альянс втянул Землю в Семичасовую войну, учёные решились на отчаянный шаг: они активировали поле и отправили «Борей» в самую дальнюю точку, какую смогли, — в Антарктику. Однако они не учли, что устройство перемещает корабль не только в пространстве, но и во времени. В итоге «Борей» растянуло между озером Мичиган времен Семичасовой войны и Антарктикой настоящего. С тех пор корабль бросает туда-сюда во всех направлениях времени и пространства, и то же самое происходит с героями.
Аликс и Гордон, наблюдая одновременно события прошлого и будущего, не понимают, что им делать: можно ли изменить курс «Борея», зафиксировать корабль в Антарктике, чтобы дать коллегам возможность изучить его, или лучше всего будет уничтожить «Борей».
Доктор Моссман.
Доктор Моссман настаивает на том, что нужно найти способ доставить «Борей» учёным из сопротивления, чтобы изучить и использовать возможности судна. Но Аликс намерена закончить дело отца и уничтожить корабль. Они спорят, и в итоге Моссман одерживает верх. Она уже готовится отключить устройство быстрой загрузки, чтобы отправить корабль в Антарктику, но тут Гордон слышит выстрел: Аликс решает проблему по-своему. Джудит падает замертво.
Аликс активирует механизм самоуничтожения, и тут появляется G-Man, но на этот раз он подходит не к Гордону, а к Аликс. Он зовёт ее с собой, она соглашается, оба покидают реальность, оставляя Гордона одного на «Борее».
G-Man.
Затем появляются вортигонты и вновь спасают Гордона, не то закрыв его от взрыва, не то переместив неизвестно куда. Фримен, по его собственному признанию, «едва успевает увидеть фейерверк». Финал этой истории остаётся открытым. Сопротивление, так или иначе, продолжает бороться с Альянсом, судьба знакомых персонажей оказывается под вопросом. Обращаясь к игрокам, Гордон Фримен отмечает, что они-то куда лучше знают, чем должна закончиться эта история.
(С другой стороны, это может быть обращением Лэйдлоу к тем, кто должен сменить его на посту сценариста. Как признался Марк в июльском интервью, ему казалось важным дать полную свободу тем, кто унаследует серию, при этом оставив «болтающиеся концы» для собственного удовлетворения).
